关于控制fasta序列长度格式转换的问题

清泉一边

试试

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. my $sum = 0;
   
4. my $line = "";
   
5. #print "$line\n";
   
6. while (<DATA>){
   
7. 
   
8. chomp;
   
9. if ($_ =~ />/ && $sum == 0){
   
10. print "$_\n";
    
11. #print "$line\n";
    
12. $sum = 0;
    
13. $line = "";
    
14. } elsif ($_ =~ />/ && $sum != 0){
    
15. print "$line\n";
    
16. print "$_\n";
    
17. $sum = 0;
    
18. $line = "";
    
19. } else{
    
20.         if ($sum == 90){
    
21.          print "$line\n";
    
22.          $line = $_;
    
23.          $sum = length $line;
    
24.          } else {
    
25.           $line ="$line"."$_";
    
26.           $sum = length $line;
    
27.          }
    
28. }
    
29. }
    
30. print "$line\n\n\nFinished!\n";
    
31. 
    
32. __DATA__
    
33. >as
    
34. ATGCAATTTTTTTTTTTTTAAGGGTAAATG
    
35. GGGAATTCCCATTTTAAGTTTTAAGTTssA
    
36. GGGAATTCCCATTTTAAGTTTTAAGTTTTA
    
37. fGGAATTCCCATTTTAAGTTTTAAGTTTTA
    
38. GGGAATTCCCATTTTAAGTTTTAAGTTrrA
    
39. ATGCAATTTTTTTTTTTTTAAGGGTAAATG
    
40. dghhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
    
41. >af
    
42. ATGhAATTTTTTTTTTTTTAAGGGTAAATG
    
43. GGGAATTCCCATTTTAAGTTTTAAGTTTTA
    
44. GGGAATTCCCATTTTAAGTTTTAAGTTTTk
    
45. lGGAATTCCCATTTTAAGTTTTAAGTTTTA
    
46. GGGAATTCCCATTTTAAGTTTTAAGTTTTA
    
47. ATGCAATTTTTTTTTTTTTAAGGGTTTTTA
    
48. sd

复制代码

回复 1# jiangphoenix