【求助】Perl按固定长度分割文本

munaiyi1234

大神，我发现文件chomp后也读不进来。。。


use warnnings;
use strict;


open (In,"1.txt")||die("error in open");
#open(Out,">out.txt")||die("can not open");
@lines=<In>;
chomp(@lines);
close(In);
my $start=0;
foreach $Line (@lines){
print Out"$line\n";

}
#close(Out);

我的代码，新人让你费心了···
为什么读不进来呢，别的文件都能读

回复 10# sunzhiguolu


   

munaiyi1234

正在学习中···
回复 8# MMMIX


   

sunzhiguolu

回复 11# munaiyi1234
贴出你调用脚本时的完整输入以及全部的错误信息. 即使我不能为你解决, Perl 板块大神, 前辈高手多的是, 而且都非常热心, 一定会有人能帮你解决的. (这一点我可以保证)

   

b114213903

回复 1# munaiyi1234

MMMIX 发表于 2015-12-30 20:24
最简单的办法就是用 Bio::SeqIO  模块，让它帮你控制每行的长度。

生物相关的学Perl，一定要学会用BioPerl！很重要，很给力……

munaiyi1234

好的前辈！

回复 14# b114213903


   

munaiyi1234

use warnings;
use strict;
use diagnostics;
my ($line, @lines) = ();
open (In,"1.txt")||die("error in open");
@lines = <In>;
chomp(@lines);
close(In);
my $start=0;
foreach $line (@lines){
print "$line\n";
}

提示第5行有问题
uncaught exception from user code

munaiyi1234

use warnings;
use strict;
use diagnostics;
my $fastaFile = "C:/perl/1.txt";
my ($line, @lines) = ();
#open (In,"1.txt")||die("error in open");
open In, "$fastaFile" or die "Cannot find the specified fasta file $fastaFile";
@lines = <In>;
chomp(@lines);
close(In);
my $start=0;
foreach $line (@lines){
print "$line\n";
}

调好了。。。接下来调试分割文本部分，新手也在成长中

munaiyi1234

回复 10# sunzhiguolu


大神元旦好。。。
现在我把测试代码改成了这样子：



use warnings;
use strict;
use diagnostics;
my $fastaFile = "C:/perl/1.txt";
my ($line, @lines) = ();
open In, "$fastaFile" or die "Cannot find the specified fasta file $fastaFile";
@lines = <In>;
chomp(@lines);
close(In);
open OUT, ">C:perl/out.txt";

for (my ($sOffset, $sCnt, $sLength, $sStrLength, $sSection) = (0, 0, 147, length ($line)); $sStrLength >= $sOffset; $sOffset += $sLength){

        print OUT "substr ($line, $sOffset, $sLength)\n";

}

系统提示：


Use of uninitialized value $sStrLength in numeric ge (>=) at
        C:\perl\106.pl line 12 (#1)
   
我该怎么改。。。

程序猿zy

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

my $IN_FILE;
my $line_flag = 1;
my $offset = 147;
my $in_file = "./in_file.txt";

open $IN_FILE, '<', $in_file or die "Can't open input file: $in_file";

while( <$IN_FILE> ) {
    chomp( $_ );

    for( my $pos = 0; $pos < length($_); $pos += $offset, ++$line_flag ) {
        my $tmp_str = substr( $_, $pos, $offset );
        print ">char $line_flag\n$tmp_str\n";
    }
}

close $IN_FILE;

1;

munaiyi1234

谢谢神！容我追问一下，楼上的楼上我自己的程序还有救吗。。。能调通吗。。。。


回复 19# 程序猿zy