求助,按照坐标区间比较合并行操作

rexbak

各位大神,
有几万行坐标记录,预先排了顺序先小后大.选前7行为例,如下
Chr        start        end               
Chr1        1        10               
Chr1        2        13               
Chr1        15        20               
Chr1        22        24               
Chr1        23        28
Chr1        25        30
Chr1        31        40
如果下一行跟上一行坐标区间有overlapping就把下一行坐标添加到上一行中,如果没overlapping则独立显示这一行.以达到形成下面数据的效果.求助perl代码.
Chr1        1        2        10        13
Chr1        15        20               
Chr1        22        23        24        25   28   30
Chr1        31        40               

sunzhiguolu

回复 1# rexbak

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. 
   
5. $" = "\t";
   
6. print scalar <>;
   
7. my @aP;
   
8. while (<>){
   
9.     my @aNP = split;
   
10.     if (!@aP){
    
11.         @aP = @aNP;
    
12.         print "@aP";
    
13.         next;
    
14.     }
    
15.     if ($aNP[1] > $aP[1] and $aNP[1] < $aP[-1]){
    
16.         @aP = @aNP;
    
17.         print "\t@aP[1,-1]";
    
18.         next;
    
19.     }
    
20.     @aP = @aNP;
    
21.     print "\n@aP";
    
22. }
    

复制代码

sunzhiguolu

最后的排序忘记了, 试下这个:

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. 
   
5. $" = "\t";
   
6. print scalar <>;
   
7. my @aP;
   
8. while (<>){
   
9.     my @aNP = split;
   
10.     if (!@aP){
    
11.         @aP = @aNP;
    
12.         next;
    
13.     }
    
14.     if ($aNP[1] > $aP[-2] and $aNP[1] < $aP[-1]){
    
15.         splice (@aP, scalar (@aP), 0, @aNP[1 .. $#aNP]);
    
16.         next;
    
17.     }
    
18.     print shift (@aP);
    
19.     @aP = sort {$a <=> $b} @aP;
    
20.     print "\t@aP\n";
    
21.     @aP = @aNP;
    
22. }
    
23. print "@aP\n";
    

复制代码

rexbak

谢谢了大神! 正如所愿