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电梯直达

1楼 [收藏(0)] [报告]

发表于 2016-10-22 15:16 |只看该作者 |倒序浏览

前几天被雾霾伤到不行，感冒、加班、训斥，有点飘飘然的感觉，来逛逛论坛，还是那样活跃，挺好。。。

今天想求助文件抽取方面的问题：

现在有a.txt和b.txt两个文件

a文件格式是：
hsa-miR-148a-3p
hsa-miR-598-3p
hsa-miR-596-8p

b文件格式是：
>hsa-miR-148a-3p MIMAT0015092 Caenorhabditis elegans lin-4-3p
TCAGTGCACTACAGAACTTTGT
>hsa-miR-106b-5p
TAAAGTGCTGACAGTGCAGAT
>hsa-miR-598-3p MIMAT0015092 Caenorhabditis elegans lin-4-3p
TCGAGGAGCTCACAGTCT

如果a文件里的内容在b文件中出现：就打印如下内容
>hsa-miR-148a-3p
TCAGTGCACTACAGAACTTTGT
>hsa-miR-598-3p
TCGAGGAGCTCACAGTCT

O(∩_∩)O谢谢相助

文库|博客

99超人 99超人当前离线禁止发言求职 : 技术支持/维好友博客消息论坛徽章: 0	2楼 [报告] 发表于 2016-10-22 16:03 \|只看该作者提示: 作者被禁止或删除内容自动屏蔽
	实战分享：从技术角度谈机器学习入门\| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 \| ChinaUnix打赏功能已上线！ \| 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？

moperyblue

大富大贵

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3楼 [报告]

发表于 2016-10-22 18:28 |只看该作者

awk 'NR==FNR{k=">"$1;a[k]=1;next}a[$1]{print $1;getline;print}' a b

复制代码

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fh21_xuejinlian

家境小康

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4楼 [报告]

发表于 2016-10-23 11:10 |只看该作者

grep -A1 -f a.txt b.txt |awk '{print $1}'

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sunzhiguolu

巨富豪门

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5楼 [报告]

发表于 2016-10-23 14:02 |只看该作者

perl -nle 'if(@ARGV){$h{$_}++;next}$P=$h{$1} if(/\A>(\S+)/);print if($P)' a b

复制代码

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jason680

富可敌国

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6楼 [报告]

发表于 2016-10-23 15:33 |只看该作者

回复 1# 蓝色未央

$ awk 'FNR==NR{a[">"$1]=1;next}/>/{P=a[$1];NF=1}P' a.txt b.txt
>hsa-miR-148a-3p
TCAGTGCACTACAGAACTTTGT
>hsa-miR-598-3p
TCGAGGAGCTCACAGTCT