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楼主: kevin_furant

求助小脚本编写 [复制链接]

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发表于 2017-02-26 19:04 |显示全部楼层
回复 9# kevin_furant

楼上大神们的建议很不错,双端拆分的话应该是miseq / nextseq / miniseq平台的下机数据咯~

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综合交流区版块每日发帖之星
日期:2016-07-06 06:20:00综合交流区版块每日发帖之星
日期:2016-08-16 06:20:00
发表于 2017-02-26 20:03 |显示全部楼层
回复 8# 华小飞_Perl

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发表于 2017-02-26 20:04 |显示全部楼层
中规中矩的写一个:
  1. #!/usr/bin/perl

  2. use warnings;
  3. use strict;

  4. open FILE_1, '<', 'lst1.txt' or die "Error 1 occured: $!";
  5. open FILE_2, '<', 'lst2.txt' or die "Error 2 occured: $!";

  6. my (@sample, @index, $sample, $index);
  7. while (<FILE_1>) {
  8.         chomp;
  9.         if (/^(\w+),(\w+)/m) {
  10.                 $sample = $1.",".$2;
  11.                 push @sample, $sample;
  12.         }       
  13. }

  14. while (<FILE_2>) {
  15.         chomp;
  16.         my @med = split;
  17.         $index = join ",", @med;
  18.         push @index, $index;
  19. }

  20. while (@sample) {
  21.         my $sig_smp = shift @sample;
  22.         my $sig_index = shift @index;
  23.         my $combine = $sig_smp.",".$sig_index;
  24.         print $combine, "\n";
  25. }
复制代码

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15-16赛季CBA联赛之天津
日期:2017-03-21 18:26:14
发表于 2017-02-27 13:50 |显示全部楼层
谢谢,不过我自己写的也搞定了,
#! usr/bin/perl
@ARGV ||die "can not open the file!\n";
open (my $fh_1, "< $ARGV[0]");
open (my $fh_2, "< $ARGV[1]");
my %hash;
my @arr;
while (<$fh_1>){
         chomp;
        s/[ATGC]{6,8},,//;
        @arr = split /,/;       
chomp(my $lst2 = <$fh_2>);
        my ($idx) = grep s/\s+/,/, ($lst2);
push @arr, $idx;
$hash{$arr[0]} = [@arr];
print join(",",@{$hash{$arr[0]}}),"\n";
}
close $fh_1;
close $fh_2;
写得烂但是运行没发现问题。

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15-16赛季CBA联赛之天津
日期:2017-03-21 18:26:14
发表于 2017-02-27 14:07 |显示全部楼层
回复 10# 华小飞_Perl
是illunina hiseq4000的数据

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15-16赛季CBA联赛之天津
日期:2017-03-21 18:26:14
发表于 2017-02-27 14:09 |显示全部楼层
回复 7# moperyblue
是的,我第一次就是这么干的,因为在学perl,所以想找个东西练练手。

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发表于 2017-02-27 20:29 |显示全部楼层
kevin_furant 发表于 2017-02-27 14:07
回复 10# 华小飞_Perl
是illunina hiseq4000的数据

原来这样 数据量有点大 要考虑脚本性能
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