求助小脚本编写

华小飞_Perl

回复 9# kevin_furant

楼上大神们的建议很不错，双端拆分的话应该是miseq / nextseq / miniseq平台的下机数据咯~

sditmaner

回复 8# 华小飞_Perl

华小飞_Perl

中规中矩的写一个：

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. use warnings;
   
4. use strict;
   
5. 
   
6. open FILE_1, '<', 'lst1.txt' or die "Error 1 occured: $!";
   
7. open FILE_2, '<', 'lst2.txt' or die "Error 2 occured: $!";
   
8. 
   
9. my (@sample, @index, $sample, $index);
   
10. while (<FILE_1>) {
    
11.         chomp;
    
12.         if (/^(\w+),(\w+)/m) {
    
13.                 $sample = $1.",".$2;
    
14.                 push @sample, $sample;
    
15.         }       
    
16. }
    
17. 
    
18. while (<FILE_2>) {
    
19.         chomp;
    
20.         my @med = split;
    
21.         $index = join ",", @med;
    
22.         push @index, $index;
    
23. }
    
24. 
    
25. while (@sample) {
    
26.         my $sig_smp = shift @sample;
    
27.         my $sig_index = shift @index;
    
28.         my $combine = $sig_smp.",".$sig_index;
    
29.         print $combine, "\n";
    
30. }

复制代码

kevin_furant

谢谢，不过我自己写的也搞定了，
#! usr/bin/perl
@ARGV ||die "can not open the file!\n";
open (my $fh_1, "< $ARGV[0]");
open (my $fh_2, "< $ARGV[1]");
my %hash;
my @arr;
while (<$fh_1>){
         chomp;
        s/[ATGC]{6,8},,//;
        @arr = split /,/;       
chomp(my $lst2 = <$fh_2>);
        my ($idx) = grep s/\s+/,/, ($lst2);
push @arr, $idx;
$hash{$arr[0]} = [@arr];
print join(",",@{$hash{$arr[0]}}),"\n";
}
close $fh_1;
close $fh_2;
写得烂但是运行没发现问题。

kevin_furant

回复 10# 华小飞_Perl
是illunina hiseq4000的数据

kevin_furant

回复 7# moperyblue
是的，我第一次就是这么干的，因为在学perl，所以想找个东西练练手。

华小飞_Perl

kevin_furant 发表于 2017-02-27 14:07
回复 10# 华小飞_Perl
是illunina hiseq4000的数据

原来这样 数据量有点大 要考虑脚本性能