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比较两个vcf文件，输出突变位点的文件 [复制链接]

风信子_cnblue

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1楼 [收藏(0)] [报告]
发表于 2017-08-14 22:33 |只看该作者 |倒序浏览
两个vcf文件，比较两个文件，输出文件中第一列，第二列相同，后面的列表元素进行合并输出到一个文件。
表1：CHR     Pos     Ref     Alt     CS1220  CS1270  H43-1_S H43-2_S H43-3_S H43-4_S H43-5_S H43-6_S H43-7_S
       scaffold2771    408     A       C       1/1     0/0     0/0     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/0
      scaffold2771    472     T       C       0/0     0/1     1/1     1/1     0/0     0/1     0/0     -       0/0
      scaffold2771    616     T       A       0/0     0/0     -       0/1     -       -       -       -       0/0
   C18685956       200     A       G       0/0     0/0     -       0/1     -       -       -       0/0     -
     C18685956       311     A       C       0/1     0/0     -       1/1     -       -       -       0/1     -
     C18685956       348     T       C       0/0     1/1     -       0/0     -       -       -       -       -
      C18592838       61      G       C       1/1     0/0     0/0     -       -       0/0     0/0     0/1     -
     C18592838       262     G       C       1/1     0/0     0/0     -       -       0/1     0/0     -       -
   C18592838       271     A       G       0/0     0/0     0/0     -       -       0/1     0/0     -       -
      C18592838       273     G       A       0/0     0/0     0/0     -       -       0/1     0/0     -       -
      C18592838       283     C       T       0/0     0/0     0/1     -       -       0/0     0/0     -       -
      C18559687       200     G       A       0/0     0/0     0/1     -       0/0     0/0     0/0     -       -
表2：
CHR     Pos     Ref     Alt     CS1303  CS1353  L18-1_S L18-4_S L18-51_S        L18-52_S        L18-53_S        L18-5_S L18-6
       C18678266       115     C       T       0/0     0/0     0/1     -       -       -       -       -       0/0     -
     C18678266       206     C       A       1/1     0/1     -       -       -       0/1     -       -       0/0     -
      scaffold2771    408     A       C       0/0     0/1     0/1     -       0/1     -       1/1     -       0/1     0/1
      scaffold2771    436     G       C       0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     -       0/1     -       0/1     0/1
      scaffold2771    472     T       C       0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     -       0/0     -       0/1     0/1
  C18473542       54      T       C       0/0     0/0     0/1     -       0/0     -       -       -       -       -
     C18473542       216     G       T       0/0     0/0     0/1     -       0/0     -       -       -       -       -
      C18685956       101     G       A       0/0     0/0     0/1     0/1     -       -       -       -       -       -
     C18685956       311     A       C       0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     -       1/1     -       -       -
    C18685956       348     T       C       1/1     0/1     0/1     0/0     0/1     -       0/1     -       -       -
    C18592838       61      G       C       0/0     0/0     0/1     0/0     -       -       -       0/0     -       0/1
     C18559687       102     T       C       1/1     1/1     -       1/1     1/1     1/1     0/0     1/1     0/1     1/1
sunzhiguolu

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程序设计版块每周发帖之星 日期:2016-04-08 00:41:33操作系统版块每日发帖之星 日期:2015-09-02 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-02 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-04 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-04 06:20:00每周论坛发贴之星 日期:2015-09-06 22:22:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-09 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-19 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-20 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-20 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-22 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-24 06:20:00
2楼 [报告]
发表于 2017-08-15 00:10 |只看该作者
输出结果，给个示例？
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
风信子_cnblue

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3楼 [报告]
发表于 2017-08-15 16:44 |只看该作者
回复 2# sunzhiguolu

CHR     Pos     Ref     Alt     CS1220  CS1270  H43-1_S H43-2_S H43-3_S H43-4_S H43-5_S H43-6_S H43-7_S CS1303  CS1353  L18-1_
chr17 2310572   T G 0/0 0/0 - 0/1 0/0 0/0 0/0 - 0/0     0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1
chr5 16209058   T C 1/1 1/1 0/1 1/1 - 1/1 1/1 1/1 1/1   1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 - 0/1 1/1
chr16 11892565  A G 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 -
chr20 5647323   A T 0/0 0/0 0/0 0/1 - 0/0 0/0 - 0/0     0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1
chr19 17682303  A G 0/0 0/1 1/1 - - 0/0 0/1 0/0 0/1     1/1 0/0 - 0/1 1/1 - 0/1 - - 0/0
chr5 1853195    C T 1/1 0/1 - - - - - 0/0 0/0   1/1 0/1 0/0 0/0 - - - 0/0 0/1 -
chr8 26237839   A G 1/1 1/1 1/1 0/1 - 1/1 1/1 1/1 1/1   1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 - 1/1 0/1 0/1
chr8 23447232   C T 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 - 0/1   0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 - 0/1 0/0 - 0/0
chr19 15607780  G T 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 - 0/0 -     0/1 1/1 - - 0/0 0/0 0/0 - 0/0 -
chr8 23551520   G A 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
chrZ 9894602    G A 1/1 0/0 - 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 -     1/1 0/1 - 0/0 - 0/1 0/0 - - 0/0
chr19 15667429  C T 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 - 0/0 0/0 0/0   0/0 0/0 - - 0/1 - - 0/1 - -
结果是这样的，求赐教，谢谢了！
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
523066680

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子鼠 日期:2014-10-11 16:46:482016科比退役纪念章 日期:2018-03-16 10:24:0515-16赛季CBA联赛之山东 日期:2017-11-10 14:32:142016科比退役纪念章 日期:2017-09-02 15:42:4715-16赛季CBA联赛之佛山 日期:2017-08-28 17:11:5515-16赛季CBA联赛之浙江 日期:2017-08-24 16:55:1715-16赛季CBA联赛之青岛 日期:2017-08-17 19:55:2415-16赛季CBA联赛之天津 日期:2017-06-29 10:34:4315-16赛季CBA联赛之四川 日期:2017-05-16 16:38:55黑曼巴 日期:2016-07-19 15:03:112015亚冠之萨济拖拉机 日期:2015-05-22 11:38:5315-16赛季CBA联赛之北京 日期:2019-08-13 17:30:53
4楼 [报告]
发表于 2017-08-15 17:40 |只看该作者
我发错了……
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moperyblue

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15-16赛季CBA联赛之八一 日期:2016-02-22 19:10:4215-16赛季CBA联赛之深圳 日期:2016-12-01 10:34:0415-16赛季CBA联赛之新疆 日期:2016-12-07 10:24:2915-16赛季CBA联赛之同曦 日期:2016-12-15 12:06:43CU十四周年纪念徽章 日期:2016-12-18 13:03:4415-16赛季CBA联赛之吉林 日期:2017-01-03 15:52:2515-16赛季CBA联赛之辽宁 日期:2017-01-04 14:58:2415-16赛季CBA联赛之辽宁 日期:2017-01-15 09:42:512016科比退役纪念章 日期:2017-02-06 17:21:50黑曼巴 日期:2017-02-10 15:46:1215-16赛季CBA联赛之上海 日期:2017-03-18 10:14:5415-16赛季CBA联赛之青岛 日期:2017-03-18 22:00:44
5楼 [报告]
发表于 2017-08-15 17:41 |只看该作者

  1. awk 'NR==FNR{s=$5;for(i=6;i<=NF;i++)s=s FS $i;a[$1$2]=s;next}a[$1$2]{$++NF=a[$1$2];print}' 2.vcf 1.vcf|column -t > out.txt
复制代码

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sunzhiguolu

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程序设计版块每周发帖之星 日期:2016-04-08 00:41:33操作系统版块每日发帖之星 日期:2015-09-02 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-02 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-04 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-04 06:20:00每周论坛发贴之星 日期:2015-09-06 22:22:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-09 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-19 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-20 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-20 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-22 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-24 06:20:00
6楼 [报告]
发表于 2017-08-15 22:17 |只看该作者
本帖最后由 sunzhiguolu 于 2017-08-15 22:19 编辑
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;

  5. my $data = {};
  6. while(<>){
  7.                 s/\A\s+|\s+\z//g;
  8.                 my ($a, $b, $tail) = split(' ', $_, 3);
  9.                 my $k = $a . $b;
  10.                 if(!exists($data->{$k})){
  11.                         $data->{$k} = $_;
  12.                         next;
  13.                 }
  14.                 print("$data->{$k}\t$tail\n");
  15. }
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风信子_cnblue

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7楼 [报告]
发表于 2017-08-16 09:13 |只看该作者
回复 6# sunzhiguolu

非常感谢，
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本友会机友会摄友会

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8楼 [报告]
发表于 2017-08-16 14:49 |只看该作者
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风信子_cnblue

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9楼 [报告]
发表于 2017-08-18 13:56 |只看该作者
回复 8# 本友会机友会摄友会

谢谢您的建议，我会参考学习的，再次感谢！
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