求一个切割序列的脚本

skyxbxb

序列：几万条，fasta格式，如下：
>gene=XLOC_000001
CTCCGTCCTGGATGCCGTCCTCCCTGGTGTCAGCCTCTTGGTCAAAAATTTTGGGGTCCTTTGTCTCCTTCGGTGGTGTCCATTGGTGCGGGTGCATGGATTCTGTGCGCGGGTGCATGGTGGCGGTCAAAACAGGTAGTATGGTGGCGGTCTCTGGATATGCGGGCTGCTCTTCCTGCGGTGATGGATCGTCGGCGGGGAATATAAGGCTCAAGAGGGGTTGATGTTTGCGGCTGGCTTTAATTGCATGTTTGGCGGCGGTTTTTTGTGGTAGGCTGTCTTGTATTGGCTTCGGTTCTTCTAATACTATTTTCGGTAAATCATTTCTAAAGGTGGTGTATGATGTTGAAAtatcttgattttctttgtttgtttcaTTGGAGCTTGTCGGTGTtatatcgggggtatcatatagtcctggtttattagttgtagttttctgtatatctggtggcgggtcgttgggtgctgggttccgggttttttgttgattcaatcc
>gene=XLOC_000002
TAGGGATTTGCTTGTGATCATGTTTCTATAAAGTCGtcattttatcaattcgaaGATCAGCCTTCAAAAATTTAGGTCAACTTATACATTTCAACTCACGTTGCTACACGTTTCAACTTAGCAAAAGGACAGAGggaattagtattattattctctagagcCCTGGAAATATCCCTGTTATTGTTCTTGGTACGGTACCTTATACAAAAGGGACtccataatacaaaaacaaatcagtCCTTGCCGGACAAagctagagaaagaagaagaagaagaagacgacgacaggaggagaagaagaacaagcgagaagaagaagataatagaaaaagg

求一个脚本可以把每条序列按顺序从头到尾切割成一些2000bp的短序列。

zxy877298415

回复 1# skyxbxb

“切割成一些2000bp的短序列” 这个是什么意思，请给出上述文本想要的结果！

skyxbxb

回复 2# zxy877298415
比如说一条长序列 CTCCGTCCTGGATGCCGTCCTCCCTGGTGTCAGCCTCTTGGTCAAAAATTTTGGGGTC我希望切割成
CTCCG

TCCTG
GATGC
CGTCC
TCCCT
GGTGT
CAGCC
.......
固定长度的短序列，例子中长度为5，我希望切割成长度为2000以内如1900的长度。

zxy877298415

回复 3# skyxbxb

1. with open ('file.txt') as f:
   
2.     for i in f:
   
3.         if '>' in i:
   
4.             print (i,end='')
   
5.         else:
   
6.             for j in range(0,len(i),5):
   
7.                 print (i[j:j+5])

复制代码

把5改成你需要切割的长度就可以了！

skyxbxb

回复 4# zxy877298415

感谢大神！我试了一下，在服务器用这个脚本，提示错误：
-bash-4.1$ python try1.py
  File "try1.py", line 4
    print (i,end='')
                ^
SyntaxError: invalid syntax

请问这是怎么回事呢？

zxy877298415

回复 5# skyxbxb


我的是python3 你用的是python2！

skyxbxb

回复 4# zxy877298415
大神，不好意思我之前说得不够明白，我是想：原文件：
>gene=XLOC_000001
CTCCGTCCTGGATGCCGTCCTCCCTGGTGTCAGCCTCTTGGTCAAAAATTTTGGGGTC
结果文件：
>gene=XLOC_000001.1
CTCCG
>gene=XLOC_000001.2
TCCTG
>gene=XLOC_000001.3
GATGC
>gene=XLOC_000001.4
CGTCC
.......
长序列切割成固定长度的短序列，并且编号（编号形式任意，包含原来的编号就好，比如>gene=XLOC_000001_1也行）。

多谢大神！

zxy877298415

回复 7# skyxbxb


with open ('file.txt') as f:
    for i in f:
        if '>' in i:
            t=i.strip('\n')
        else:
            for n,j in enumerate(range(0,len(i),5),1):
                print (t+'.'+str(n)+'\n'+i[j:j+5])

skyxbxb

回复 8# zxy877298415

厉害厉害
非常感谢大神！