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查看: 556 | 回复: 2

[其他] 运行程序时同时输入多个文件 [复制链接]

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发表于 2018-09-26 14:15 |显示全部楼层
现在要运行一个软件,其命令是这样的
java -jar ~/tools/gatk-4.0.3.0/gatk-package-4.0.3.0-local.jar CreateSomaticPanelOfNormals \
     -vcfs N1.vcf.gz \
     -vcfs N2.vcf.gz \
     -O  N1_N2_pon.vcf.gz


-vcfs添加输入文件,上面这个命令相当于添加了两个输入文件。
现在我有48个输入文件,命名从N1~N48.vcf.gz,按照这个运行的话,-vcfs这个参数我要输入48次,请问该怎么做可以同时输入这48个文件?

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发表于 2018-09-27 12:39 |显示全部楼层
写脚本,foreach构造字符串。构造时 无需 ‘\’

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发表于 2018-09-27 14:12 |显示全部楼层
回复 2# 本友会机友会摄友会

额,可以具体点吗,不是很明白
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