帮忙改程序!Pythond 在WINDOWS下是如何规定输出在一个指定文件里？

substr函数

回复 1# 咏咏672418539

亲，[ ]

1. #!/usr/bin/python2
   
2. # coding: utf-8
   
3. 
   
4. from collections import defaultdict as DICK
   
5. 
   
6. DATA = 'mydata2'  # 也就是 文件名
   
7. SAVE = 'mysave'  # 想要结果出现在一个我指定的文件里
   
8. 
   
9. F = open(DATA)
   
10. S = open(SAVE, 'w')
    
11. U = 6  # 六联体
    
12. V = [0.25**n for n in xrange(U + 1)]
    
13. N = 'AGCT'
    
14. 
    
15. for line in F:
    
16.     S.write(line)
    
17.     seq = F.next().rstrip()
    
18.     dic = DICK(int)
    
19. 
    
20.     for i in xrange(len(seq) - U + 1):
    
21.         sub = seq[i:i + U]
    
22.         num = sub.count('N')
    
23. 
    
24.         if num is 0:
    
25.             dic[sub] += 1
    
26.             continue
    
27. 
    
28.         L = ['']
    
29.         for c in sub:
    
30.             if c is 'N': L = [e + C for e in L for C in N]
    
31.             else: L = [e + c for e in L]
    
32. 
    
33.         for e in L:
    
34.             dic[e] += V[num]
    
35. 
    
36.     tot = float(i + 1)
    
37.     for k, v in sorted(dic.items()):
    
38.         S.write('%s\t%f\t%f\n' % (k, v, v / tot))
    

复制代码

substr函数

回复 7# 咏咏672418539


    亲，[ ]

1. #!/usr/bin/python2
   
2. # coding: utf-8
   
3. 
   
4. from collections import defaultdict as DICK
   
5. 
   
6. DATA = 'mydata'  # 也就是 文件名
   
7. SAVE = 'mysave'  # 想要结果出现在一个指定的文件里
   
8. 
   
9. F = open(DATA)
   
10. S = open(SAVE, 'w')
    
11. U = 6  # 六联体
    
12. 
    
13. for line in F:
    
14.     S.write(line)
    
15.     SEQ = F.next().rstrip().split("－")
    
16.     dic = DICK(int)
    
17.     tot = 1.0
    
18.     for seq in SEQ:
    
19.         if seq == '' or len(seq) < U: continue
    
20.         for i in xrange(len(seq) - U + 1):
    
21.             sub = seq[i:i + U]
    
22.             dic[sub] += 1
    
23.             tot += 1
    
24. 
    
25.     for k, v in sorted(dic.items()):
    
26.         S.write('%s\t%f\t%f\n' % (k, v, v / tot))
    

复制代码

substr函数

回复 12# 咏咏672418539
亲，[ ]
mydata

1. 〉1
   
2. ATGTCTA－－－ATGACTA－－－ATGGGAA
   
3. 〉2
   
4. －－－－－－－－－－GCCAAGAACCTCAACACTTG－－－－－AA
   

复制代码

mysave

1. 〉1
   
2. ATGACT        1.000000        0.142857
   
3. ATGGGA        1.000000        0.142857
   
4. ATGTCT        1.000000        0.142857
   
5. TGACTA        1.000000        0.142857
   
6. TGGGAA        1.000000        0.142857
   
7. TGTCTA        1.000000        0.142857
   
8. 〉2
   
9. AACACT        1.000000        0.062500
   
10. AACCTC        1.000000        0.062500
    
11. AAGAAC        1.000000        0.062500
    
12. ACACTT        1.000000        0.062500
    
13. ACCTCA        1.000000        0.062500
    
14. AGAACC        1.000000        0.062500
    
15. CAACAC        1.000000        0.062500
    
16. CAAGAA        1.000000        0.062500
    
17. CACTTG        1.000000        0.062500
    
18. CCAAGA        1.000000        0.062500
    
19. CCTCAA        1.000000        0.062500
    
20. CTCAAC        1.000000        0.062500
    
21. GAACCT        1.000000        0.062500
    
22. GCCAAG        1.000000        0.062500
    
23. TCAACA        1.000000        0.062500
    

复制代码

substr函数

回复 14# 咏咏672418539


亲，[ ]
1
你说

文件 mydata(由 ATCG 及 “－” 5 种元素构成)

但你输出

-----A

试试更改 15

    SEQ = F.next().rstrip().split("－"
   
to
    SEQ = F.next().rstrip().split("-"
   
   
2
和不等于1.

这是我的错
更改 17

    tot = 1.0
to
    tot = 0.0


   

substr函数

回复 14# 咏咏672418539


    所以

1. #!/usr/bin/python2
   
2. # coding: utf-8
   
3. 
   
4. from collections import defaultdict as DICK
   
5. 
   
6. DATA = 'mydata'  # 也就是 文件名
   
7. SAVE = 'mysave'  # 想要结果出现在一个指定的文件里
   
8. 
   
9. F = open(DATA)
   
10. S = open(SAVE, 'w')
    
11. U = 6  # 六联体
    
12. 
    
13. for line in F:
    
14.     S.write(line)
    
15.     SEQ = F.next().rstrip().split("-")
    
16.     dic = DICK(int)
    
17.     tot = 0.0
    
18.     for seq in SEQ:
    
19.         if len(seq) < U: continue
    
20.         for i in xrange(len(seq) - U + 1):
    
21.             sub = seq[i:i + U]
    
22.             dic[sub] += 1
    
23.             tot += 1
    
24. 
    
25.     for k, v in sorted(dic.items()):
    
26.         S.write('%s\t%d\t%f\n' % (k, v, v / tot)
    
27. 
    
28. 
    

复制代码

substr函数

回复 18# 咏咏672418539

亲，这个 [   ]
date
>1                           
AGTGAA        2        0.285714
CAGTGA        1        0.142857
GAAATG        1        0.142857
GTGAAA        2        0.285714
TGAAAT        1        0.142857
>2                          
AGTGAA        2        0.666667
GTGAAA        1        0.333333
>3
AGTGAA        2        0.500000
CAGTGA        1        0.250000
GTGAAA        1        0.250000


save
E1-2        0.428572
E1-3        0.357143
E2-3        0.250000

code

1. #!/usr/bin/python2
   
2. # coding: utf-8
   
3. 
   
4. from collections import defaultdict as DICK
   
5. from itertools import combinations as COMB
   
6. 
   
7. FILE = 'data'  # file name
   
8. SAVE = 'save'  # save name
   
9. HEAD = '>'     # change '>' ???
   
10. 
    
11. D = DICK(dict)
    
12. S = open(SAVE, 'w')
    
13. K = ''
    
14. 
    
15. for L in open(FILE):
    
16.     if L.startswith(HEAD):
    
17.         K = L.rstrip(HEAD)[1]
    
18.     else:
    
19.         k, _, v = L.split()
    
20.         D[K][k] = float(v)
    
21. 
    
22. for k1, k2 in COMB(sorted(D.keys()), 2):
    
23.     ks = set(D[k1].keys()) & set(D[k2].keys())
    
24.     Eij = sum(abs(D[k1][k] - D[k2][k]) for k in ks)
    
25.     S.write('E%s-%s\t%f\n' % (k1, k2, Eij))
    

复制代码

substr函数

回复 21# 咏咏672418539


    亲，感谢点出错误 [   ]

试试这个更新版本
save
E1-2        0.857143
E1-3        0.642857
E2-3        0.500000

code

1. #!/usr/bin/python2
   
2. # coding: utf-8
   
3. 
   
4. from collections import defaultdict as DICK
   
5. from itertools import combinations as COMB
   
6. 
   
7. FILE = 'data'  # file name
   
8. SAVE = 'save'  # save name
   
9. HEAD = '>'  # change '>' ???
   
10. 
    
11. D = DICK(dict)
    
12. S = open(SAVE, 'w')
    
13. K = ''
    
14. 
    
15. for L in open(FILE):
    
16.     if L.startswith(HEAD):
    
17.         K = L.rstrip().split(HEAD)[1]
    
18.     else:
    
19.         k, _, v = L.split()
    
20.         D[K][k] = float(v)
    
21. 
    
22. for k1, k2 in COMB(sorted(D.keys()), 2):
    
23.     ks = set(D[k1].keys() + D[k2].keys())
    
24.     Eij = sum(abs(D[k1].get(k, 0) - D[k2].get(k, 0)) for k in ks)
    
25.     S.write('E%s-%s\t%f\n' % (k1, k2, Eij))
    
26.     #print 'E%s-%s\t%f' % (k1, k2, Eij)
    

复制代码

if int
>11                 
AGTGAA        2        0.285714
.....

1. #!/usr/bin/python2
   
2. # coding: utf-8
   
3. # 2015-12-15_Q1
   
4. 
   
5. from collections import defaultdict  as DICK
   
6. from itertools   import combinations as COMB
   
7. 
   
8. FILE = 'data'  # file name
   
9. SAVE = 'save'  # save name
   
10. HEAD = '>'     # change '>' ???
    
11. 
    
12. D = DICK(dict)
    
13. S = open(SAVE, 'w')
    
14. K = None
    
15. 
    
16. for L in open(FILE):
    
17.     if L.startswith(HEAD):
    
18.         K = int(L.rstrip().split(HEAD)[1])
    
19.     else:
    
20.         k, _, v = L.split()
    
21.         D[K][k] = float(v)
    
22. 
    
23. for k1, k2 in COMB(sorted(D.keys()), 2):
    
24.     ks = set(D[k1].keys() + D[k2].keys())
    
25.     Eij = sum(abs(D[k1].get(k, 0) - D[k2].get(k, 0)) for k in ks)
    
26.     S.write('E%s-%s\t%f\n' % (k1, k2, Eij))
    

复制代码

substr函数

回复 23# 咏咏672418539

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只是一只小白 [   ]