帮忙改程序!Pythond 在WINDOWS下是如何规定输出在一个指定文件里？

咏咏672418539

回复 9# 咏咏672418539


   大神，我没有解决了，请有时间帮帮忙吧
我自己也在努力，先谢大神了

咏咏672418539

回复 10# substr函数


    亲，总是这么给力啊！
    这个程序是算什么的？为什么算出来的结果是把“－”算成了除ATCG外的第五种字符呢？能帮我解决那个新的问题吗？

substr函数

回复 12# 咏咏672418539
亲，[ ]
mydata

1. 〉1
   
2. ATGTCTA－－－ATGACTA－－－ATGGGAA
   
3. 〉2
   
4. －－－－－－－－－－GCCAAGAACCTCAACACTTG－－－－－AA
   

复制代码

mysave

1. 〉1
   
2. ATGACT        1.000000        0.142857
   
3. ATGGGA        1.000000        0.142857
   
4. ATGTCT        1.000000        0.142857
   
5. TGACTA        1.000000        0.142857
   
6. TGGGAA        1.000000        0.142857
   
7. TGTCTA        1.000000        0.142857
   
8. 〉2
   
9. AACACT        1.000000        0.062500
   
10. AACCTC        1.000000        0.062500
    
11. AAGAAC        1.000000        0.062500
    
12. ACACTT        1.000000        0.062500
    
13. ACCTCA        1.000000        0.062500
    
14. AGAACC        1.000000        0.062500
    
15. CAACAC        1.000000        0.062500
    
16. CAAGAA        1.000000        0.062500
    
17. CACTTG        1.000000        0.062500
    
18. CCAAGA        1.000000        0.062500
    
19. CCTCAA        1.000000        0.062500
    
20. CTCAAC        1.000000        0.062500
    
21. GAACCT        1.000000        0.062500
    
22. GCCAAG        1.000000        0.062500
    
23. TCAACA        1.000000        0.062500
    

复制代码

咏咏672418539

回复 13# substr函数

亲，有两个问题：
第一个是我计算的结果是如下的形式，
    >1                           
------        3468.000000        0.008787
-----A        13.000000        0.000033
-----C        8.000000        0.000020
-----G        12.000000        0.000030……
并没有算出你那种结果。
第二个是，我看了你的结果，发现〉1的频率最后加起来，和不等于1.
猜不透是哪里出了错
期待你哦

substr函数

回复 14# 咏咏672418539


亲，[ ]
1
你说

文件 mydata(由 ATCG 及 “－” 5 种元素构成)

但你输出

-----A

试试更改 15

    SEQ = F.next().rstrip().split("－"
   
to
    SEQ = F.next().rstrip().split("-"
   
   
2
和不等于1.

这是我的错
更改 17

    tot = 1.0
to
    tot = 0.0


   

substr函数

回复 14# 咏咏672418539


    所以

1. #!/usr/bin/python2
   
2. # coding: utf-8
   
3. 
   
4. from collections import defaultdict as DICK
   
5. 
   
6. DATA = 'mydata'  # 也就是 文件名
   
7. SAVE = 'mysave'  # 想要结果出现在一个指定的文件里
   
8. 
   
9. F = open(DATA)
   
10. S = open(SAVE, 'w')
    
11. U = 6  # 六联体
    
12. 
    
13. for line in F:
    
14.     S.write(line)
    
15.     SEQ = F.next().rstrip().split("-")
    
16.     dic = DICK(int)
    
17.     tot = 0.0
    
18.     for seq in SEQ:
    
19.         if len(seq) < U: continue
    
20.         for i in xrange(len(seq) - U + 1):
    
21.             sub = seq[i:i + U]
    
22.             dic[sub] += 1
    
23.             tot += 1
    
24. 
    
25.     for k, v in sorted(dic.items()):
    
26.         S.write('%s\t%d\t%f\n' % (k, v, v / tot)
    
27. 
    
28. 
    

复制代码

咏咏672418539

回复 16# substr函数


    亲，我也理解了，你真是神啊！
   让我仰望你吧

咏咏672418539

回复 17# 咏咏672418539


    亲，我这个麻烦精又想请你帮忙了
   我想用结果里的频率算一个值，公式是：Eij=∑∣Pni-Pnj∣，计算的是序列i和序列j中所有的6联体的相应频率之差的绝对值求 和。比如，
>1                           
AGTGAA        2        0.285714
CAGTGA        1        0.142857
GAAATG        1        0.142857
GTGAAA        2        0.285714
TGAAAT        1        0.142857
>2                          
AGTGAA        2        0.666667
GTGAAA        1        0.333333
>3
AGTGAA        2        0.500000
CAGTGA        1        0.250000
GTGAAA        1        0.250000
……
那E12就等于序列1和序列2中的AGTGAA这种六联体的频率之差的绝对值，加上，CAGTGA这种六联体的频率之差的绝对值，加上，GAAATG（序列2中没有这种六联体，所以是0）……
E13等于序列1和序列3中的AGTGAA这种六联体的频率之差的绝对值，加上，CAGTGA这种六联体的频率之差的绝对值，加上，GAAATG……
任意不一样的序列都要计算一次，得出相应的E值
   
   

substr函数

回复 18# 咏咏672418539

亲，这个 [   ]
date
>1                           
AGTGAA        2        0.285714
CAGTGA        1        0.142857
GAAATG        1        0.142857
GTGAAA        2        0.285714
TGAAAT        1        0.142857
>2                          
AGTGAA        2        0.666667
GTGAAA        1        0.333333
>3
AGTGAA        2        0.500000
CAGTGA        1        0.250000
GTGAAA        1        0.250000


save
E1-2        0.428572
E1-3        0.357143
E2-3        0.250000

code

1. #!/usr/bin/python2
   
2. # coding: utf-8
   
3. 
   
4. from collections import defaultdict as DICK
   
5. from itertools import combinations as COMB
   
6. 
   
7. FILE = 'data'  # file name
   
8. SAVE = 'save'  # save name
   
9. HEAD = '>'     # change '>' ???
   
10. 
    
11. D = DICK(dict)
    
12. S = open(SAVE, 'w')
    
13. K = ''
    
14. 
    
15. for L in open(FILE):
    
16.     if L.startswith(HEAD):
    
17.         K = L.rstrip(HEAD)[1]
    
18.     else:
    
19.         k, _, v = L.split()
    
20.         D[K][k] = float(v)
    
21. 
    
22. for k1, k2 in COMB(sorted(D.keys()), 2):
    
23.     ks = set(D[k1].keys()) & set(D[k2].keys())
    
24.     Eij = sum(abs(D[k1][k] - D[k2][k]) for k in ks)
    
25.     S.write('E%s-%s\t%f\n' % (k1, k2, Eij))
    

复制代码

咏咏672418539

回复 19# substr函数


    神啊！你是天使吧，是上天派来拯救我的吧！！！
我要拜你为师！师父，请收下我吧