如何将上下两行对齐的部分切出来

choose2005

uniqu-                            TCACAACATGGTATCAGAGCAGGT
TA4806 ACTCTGTTTTTCTTCTCTCTCTCAATAATCCAACATGGTATCAGAGCCGATGGTTGTCCT


uniqu-                           TCACAACATGGTATCAGAGCAGGT
TA4891 TATCTTCTTCTCCGTAACAAACTCTTCTGTAACATGGTATCAGAGCATGAATGGTGAATC

如何把对齐的部分切出来
变成：
TCACAACATGGTATCAGAGCAGGT
ATCCAACATGGTATCAGAGCCGAT


TCACAACATGGTATCAGAGCAGGT
CTGTAACATGGTATCAGAGCATGA

谢谢！！！

choose2005

uniqu-                                                        TCACAACATGGTATCAGAGCAGGT
TA4806 ACTCTGTTTTTCTTCTCTCTCTCAATAATCCAACATGGTATCAGAGCCGATGGTTGTCCT


uniqu-                                                      TCACAACATGGTATCAGAGCAGGT
TA4891 TATCTTCTTCTCCGTAACAAACTCTTCTGTAACATGGTATCAGAGCATGAATGGTGAATC

如何把对齐的部分切出来
变成：
TCACAACATGGTATCAGAGCAGGT
ATCCAACATGGTATCAGAGCCGAT


TCACAACATGGTATCAGAGCAGGT
CTGTAACATGGTATCAGAGCATGA

谢谢！！！

choose2005

是第二种情况

__lxmxn__

还是截图上来吧，看不出哪里对齐了~

choose2005

对齐见图片

ly5066113

uniqu-                                                        TCACAACATGGTATCAGAGCAGGT

之间是空格还是TAB？

alexru

得substr ?

choose2005

#!/usr/bin/perl  -w
use strict;

$/= ">";
open(IN,"junk");
#my @temp_name = <IN>;
while(<IN>){
   if(/(\S+)(\s+)(.*?)\n(\S+)(\s+)(.*?)\n(.*?)\n/ms){
         my $name = $1;
         my $query_name = $4;
         my $query_space = $5;
         my $query_seq = $6;
         my $subject = $7;
         my $query_len = length($query_name)+length($query_space);
         my $subject_len = length($subject);
         my $subject_cut = substr($subject,$query_len,length($query_seq));
         print "$query_seq\n$subject_cut\n";
   }
}


这样就行了

__lxmxn__

use strict;use warnings; open(FILE,"<UrFile")||die "Can't open the file : $!\n"; my($slength,$swidth,$spaces); while(defined($_=<FILE>)){ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;chomp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;#print $_,"\n"; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;if(/^uniqu/){ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;if(/[ACTG]+\s*$/){ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;$slength=$-[0]; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;$swidth=length($&); &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;} &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;$spaces=" "x$slength; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;print $spaces,$&,"\n"; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}else{ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;if(/^TA[0-9]+/){ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;my $string=substr($_,$slength,$swidth); &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;print $spaces,$string,"\n"; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;} &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;} } close FILE;

CU_wanglijun

请问谁能帮着解释一下楼上的代码
if(/^uniqu/){
        if(/[ACTG]+\s*$/){
            $slength=$-[0];
            $swidth=length($&);
        }
        $spaces=" "x$slength;
        print $spaces,$&,"\n";
    }
这段语句的作用我知道是在取得目标段起始位置和长度
但是@-   $&这两个特殊变量在做什么

if(/[ACTG]+\s*$/){
这个又是在匹配什么呢

谢谢了