非常着急，请教怎么从一个文件里面批量提取里面的坐标

wcszbd2008

晚上好！我有一个文件里面有很多形式很类似的坐标，形似如下：
                       Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1          6             0        1.945477    0.858466    0.089902
    2        66             0        0.490002   -0.115768   -0.054711
    3          6             0       -1.197777   -0.096690    0.735495
    4          8             0       -3.699185    0.288008   -0.214964
    5          7             0       -2.615354    0.131372   -0.118704
---------------------------------------------------------------------
基本都是上面这种形式，不一样的只是X,Y,Z的数值，我想提取里面的这个：

  6            0        1.945477    0.858466    0.089902
66            0        0.490002   -0.115768   -0.054711
  6            0       -1.197777   -0.096690    0.735495
  8            0       -3.699185    0.288008   -0.214964
  7            0       -2.615354    0.131372   -0.118704
然后输出到一个单独的记事本文件，一个坐标对应一个记事本，而且记事本文件名按照次序1，2，3..这个排列。不知道能否把里面的坐标批量输出到一个一个的记事本? 非常地感谢您。

xiaopan3322

是这个意思吗？

1. xiabao@6P9SN2X ~/test/tmp
   
2. $ awk '$1~/[0-9]/{print $2,$3,$4,$5 > $1}' urfile
   
3. 
   
4. xiabao@6P9SN2X ~/test/tmp
   
5. $ cat {1..5}
   
6. 6 0 1.945477 0.858466
   
7. 66 0 0.490002 -0.115768
   
8. 6 0 -1.197777 -0.096690
   
9. 8 0 -3.699185 0.288008
   
10. 7 0 -2.615354 0.131372
    

复制代码

wcszbd2008

回复 2# xiaopan3322


    非常非常地感谢您！我想要的是这样的：
  6            0        1.945477    0.858466    0.089902
66            0        0.490002   -0.115768   -0.054711
  6            0       -1.197777   -0.096690    0.735495
  8            0       -3.699185    0.288008   -0.214964
  7            0       -2.615354    0.131372   -0.118704

您的是：
  6            0        1.945477    0.858466   
66            0        0.490002   -0.115768   
  6            0       -1.197777   -0.096690   
  8            0       -3.699185    0.288008  
  7            0       -2.615354    0.131372   
少了最后的一列，可以给加上吗？还有我里面有很多的这样的坐标，可以把每个坐标批处理到每一个记事本吗？序号按照1，2，3...这样的顺序

xiaopan3322

回复 3# wcszbd2008


    漏了一列，呵呵：

1. awk '$1~/[0-9]/{print $2,$3,$4,$5,$6 > $1}' urfile

复制代码

已经输出了……

wcszbd2008

回复 4# xiaopan3322


    不好意思，我还是不会输入，我输入如下：
  [jh2@5 test]$ awk '$1~/[0-9]/{print $2,$3,$4,$5,$6 > $1}' *.out
awk: cmd. line:1: (FILENAME=ts23-r-2.out FNR=8 fatal: can't redirect to `1/6=600,10=5,14=-1,18=40,22=2,26=3,29=120002,38=1,39=3,42=300/1,15;' (No such file or directory)
出现上面的情况...不知道怎么回事，也没有办法把很多个坐标一个一个都放到记事本里面去啊，谢谢您

wcszbd2008

回复 4# xiaopan3322


    非常感谢您！因为每次都会出现Standard orientation，能不能先搜索Standard orientation，然后读取下面的第五行到第九行，然后删除每行前面14个字符，最后得到我想要的那部分啊？然后把提取的坐标一个一个输入到每个记事本，名称一次是1，2，3...,这样可以实现吗？万分感谢您

xiaopan3322

回复 5# wcszbd2008


    你不是说你有一个文件吗？这里为什么是*.out？
    到底有多少个.out文件？.out文件的内容是不是你贴出来的那样子的？

wcszbd2008

回复 7# xiaopan3322


    你好！我的就是一个文件，名字随便啦，就当是XX.out，没有两个，里面会出现很多次类似我贴出来的坐标的，X,Y,X列的数值不一样，其他的都是一样的，想要输出的也就是我前面说的那部分，希望能批量把坐标一个一个按数序输入到记事本，并且一次命名为1，2，3...知道有没有数清楚，非常感谢您

xiaopan3322

回复 8# wcszbd2008

哎……郁闷……

1. 你有一个XX.out文件，内容如下（因为你没贴全，姑且算是我猜的）：

xiabao@6P9SN2X ~/test/tmp
$ cat XX.out
                       Standard orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1          6             0        1.945477    0.858466    0.089902
    2        66             0        0.490002   -0.115768   -0.054711
    3          6             0       -1.197777   -0.096690    0.735495
    4          8             0       -3.699185    0.288008   -0.214964
    5          7             0       -2.615354    0.131372   -0.118704
---------------------------------------------------------------------
                       Standard orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    3          1             0        1.945477    0.858466    0.089902
    4        76             0        0.490002   -0.115768   -0.054711
    5          2             0       -1.197777   -0.096690    0.735495
    6          3             0       -3.699185    0.288008   -0.214964
    7          4             0       -2.615354    0.131372   -0.118704
---------------------------------------------------------------------

2. 你想把坐标（也就是后面5列）分别输出到以Center Number为序号的文件中（在这里就是1,2,3,4,5,6,7）

3. 运行如下代码：

1. awk '$1~/[0-9]/{print $2,$3,$4,$5,$6 >> $1}' XX.out

复制代码

4. 得到如下文件：

1. $ ls
   
2. 1  2  3  4  5  6  7  XX.out

复制代码

5. 查看文件1,2,3,4,5,6,7：

1. xiabao@6P9SN2X ~/test/tmp
   
2. $ cat 1
   
3. 6 0 1.945477 0.858466 0.089902
   
4. 
   
5. xiabao@6P9SN2X ~/test/tmp
   
6. $ cat 2
   
7. 66 0 0.490002 -0.115768 -0.054711
   
8. 
   
9. xiabao@6P9SN2X ~/test/tmp
   
10. $ cat 3
    
11. 6 0 -1.197777 -0.096690 0.735495
    
12. 1 0 1.945477 0.858466 0.089902
    
13. 
    
14. xiabao@6P9SN2X ~/test/tmp
    
15. $ cat 4
    
16. 8 0 -3.699185 0.288008 -0.214964
    
17. 76 0 0.490002 -0.115768 -0.054711
    
18. 
    
19. xiabao@6P9SN2X ~/test/tmp
    
20. $ cat 5
    
21. 7 0 -2.615354 0.131372 -0.118704
    
22. 2 0 -1.197777 -0.096690 0.735495
    
23. 
    
24. xiabao@6P9SN2X ~/test/tmp
    
25. $ cat 6
    
26. 3 0 -3.699185 0.288008 -0.214964
    
27. 
    
28. xiabao@6P9SN2X ~/test/tmp
    
29. $ cat 7
    
30. 4 0 -2.615354 0.131372 -0.118704

复制代码

我不知道你还有哪里不明白？？？！！！

wcszbd2008

回复 9# xiaopan3322


    不好意思如此麻烦您，真很感谢您无私的帮助。您误解我的意思了，我是想得到这样的文件：
    比如说1.txt内容是：
      6            0        1.945596    0.858418    0.089073
   76             0        0.490039   -0.115858   -0.054479
     6             0       -1.200819   -0.095409    0.734258
     8             0       -3.697750    0.287749   -0.216181
     8             0       -2.613863    0.131225   -0.117721
       2.txt也是类似的一个完整的坐标，而不是一行或者一列，还有能不能直接先生成300个txt啊，我有很多坐标，因此比较多的文件，一个一个打那数字很麻烦，谢谢您