perl 如何批量同时将处理结果写入不同的文件~~

linghu002127

又要麻烦各位了，实在也是搞了好久没搞定~~

帖子新手求助：如何提取相同文件名的数据行并存入相应文件~~
中
对于问题1，我手上有快100个这样的文件(文件格式*.bed),
我想批量处理他们，都进行相同的操作：就是在每个文件的第4,5列之间插入一列字符 '0’.
每个文件数据都是：


chr10 42963917 42963941 U0 -
chr4 70445617 70445641 U0 +
chr2 156399713 156399737 U0 -
chr4 77168812 77168836 U0 -
chr2 229229269 229229293 U0 +
chr3 137227198 137227222 U0 +
chrX 131453155 131453179 U0 +
chr2 203485084 203485108 U0 -
.............


处理后为：

chr10 42963917 42963941 U0 0 -
chr4 70445617 70445641 U0 0 +
chr2 156399713 156399737 U0 0 -
chr4 77168812 77168836 U0 0 -
chr2 229229269 229229293 U0 0 +
chr3 137227198 137227222 U0 0 +
chrX 131453155 131453179 U0 0 +
chr2 203485084 203485108 U0 0 -
................

自己写的代码如下：

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. 
   
6. while (my $filename = glob 'D:\data\tem1\*.bed') {
   
7.      #原始文件存在tem1文件夹下
   
8.   open (FILE,"$filename")or die $!;
   
9.    open (OUT, '+>','D:\data\tem2'.$filename)or die $!;
   
10.    #处理结果文件存在tem2文件夹下，文件名对应相同
    
11.   #while部分对数据进行处理
    
12.   while (<FILE>){                 
    
13.    chomp;   
    
14.    my @items = split("\t",$_);      
    
15.    my $str=join("\t",@items[0..3],"0",$items[4]);      
    
16.    print OUT "$str\n";
    
17.    }
    
18.       
    
19.    close FILE;
    
20.    close OUT;
    
21.    
    
22. }
    

复制代码

但是一直得不到想要的结果，不是报错就是无输出，怎么改都不行~~

Perlvim

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. 
   
6. while (my $filename = glob "D:\data\tem1\*.bed" ) { #文件在tem1文件夹下
   
7. 
   
8.    open (FILE,"$filename")or die $!;
   
9.    open (OUT, '+>','D:\data\tem2'.$filename)or die $!;
   
10.    #处理结果存在tem1文件夹下，文件名对应相同
    
11.    #while部分对数据进行处理
    
12.    while (<FILE>){
    
13.    s/([+-])$/0\t$1/;
    
14.    print OUT $_;
    
15.    }
    
16.       
    
17.    close FILE;
    
18.    close OUT;
    
19.    
    
20. }

复制代码

jiujiujiu338

回复 2# Perlvim


    为什么执行时出现Unrecognized escape \w passed through at...while一行？这是什么原因啊？多谢~

Perlvim

你的数据有问题，不是所有的行都是指定的格式。

jiujiujiu338

回复 4# Perlvim


    what mean？ 不明白啊

linghu002127

回复 2# Perlvim


    open (OUT, '+>','D:\data\tem2'.$filename)or die $!;
报告说非法.还是没有输出，求正解呀~~~

部分数据如附件所示