高手赐教 fasta 提取特定行

清泉一边

fasta格式是这样吗？你贴个标准的出来吧。
如果是我接触的fasta格式，则
第一行为key，第二行为value建哈希。key先匹配出来""loc=xx"",再判断长度，判断提取就可以了。回复 1# zhwjmch


   

104359176

回复 1# zhwjmch


    如果得到了保存 length 的值 $length 和 loc=* 的字符串 $str:

1. 
   
2. if (($length > 300) and (($str == 'loc=2R') or ($str == 'loc=2L'))) {
   
3.     # 这就是想要的东西
   
4. }

复制代码

所以关键是从字符串中提取这两个子字符串，并保存在变量中

1. / ^ > .*? (loc=2R|loc=2L) .*? length=(\d+); .* $ /xms
   

复制代码

这样就可以从 $1 获取 $str, $2 中获取 $length

大部分的工作在于从字符串中提取想要的信息。

想掌握这方面的能力，首先要学正则表达式。要想更进一步，就要学习 Perl6 的 grammar,，从此不管多复杂的文本数据，即使是代码本身，也可以轻松看清里面的数据结构。