perl编程：关于bed文件制作求助

jiangphoenix

回复 18# sunzhiguolu

合并条件：在第一列都相等的情况下，上一行第三列的坐标与下一行第二列的坐标相差数值小于3，非常感谢！！！

jiangphoenix

回复 20# sunzhiguolu

是的，最开始那个托您的福 已经能够跑通了，生成的就是刚才那个结果，这次是想处理这个结果文件，这个文件中每一行都是一段区域坐标，第一列是染色体名称，第二列是其实坐标，第三列是终止坐标，上次处理后的数据结果有得相邻区域的挨得很近， 我就是想将这些挨得很近的区域合并成一个区域 新生成的结果中 不要这些离得很近的区域（离得很近的都被合并了（上一行第三列和下一行第二列的数值差小于3 就可以 合并了）），谢谢谢。生成文件的格式依旧是这样的，只是修改了 这些区域的坐标

sunzhiguolu

回复 22# jiangphoenix

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. 
   
5. my @aData = [split (' ', scalar <DATA>)];
   
6. 
   
7. while (<DATA>){
   
8.     my ($id, $start, $end) = split;
   
9.     if ($aData[-1][0] eq $id){
   
10.         $start - $aData[-1][-1] < 3 ? ($aData[-1][-1] = $end) : push (@aData, [$id, $start, $end]);
    
11.         next;
    
12.     }
    
13.     push (@aData, [$id, $start, $end]);
    
14. }
    
15. 
    
16. print "@$_\n" for @aData;
    
17. 
    
18. __DATA__
    
19. chr1 11129265 11129312
    
20. chr1 11132717 11132739
    
21. chr1 11132741 11132745
    
22. chr1 11132747 11132764
    
23. chr1 11132766 11132818
    
24. chr1 11132850 11132904
    
25. chr1 11132906 11132939
    
26. chr1 11139743 11139968
    
27. chr1 11150021 11150225
    
28. chr1 11172370 11172752
    
29. chr1 11174848 11175076
    
30. chr1 11175999 11176441
    
31. chr1 11177029 11177309
    
32. chr1 11177311 11177397
    
33. chr1 11177453 11177683
    
34. chr1 11181703 11182355
    
35. chr1 11187182 11187371
    
36. chr1 11193359 11193591
    
37. chr1 11195078 11195149
    

复制代码

jiangphoenix

回复 23# sunzhiguolu

谢谢！终于解决了 太感谢你了